Kako je Milanović ispričao, bila je to ljubav na prvi pogled, a tjedan dana poslije postali su par. Na prvo zajedničko ljetovanje otišli su novcem koji je zaradio prodajući usisavače po kućama. Vjenčali su se 1994. i imaju dva sina - Antu Jakova i Marka.

Kada su se preselili u Belgiju, titulu magistrice medicinskih znanosti stekla je 1999. godine na Université Libre de Bruxelles, a učila je epidemiologiju, javno zdravstvo i biostatistiku. Doktorirala je poslije jedanaest godina u Zagrebu na temu debljine odraslih u Hrvatskoj, što je glavno područje njezina rada.

U medijima i na društvenim mrežama često su je ismijavali zbog preporuke da jedemo manje bijelog kruha, a crni da režemo na tanje komade, iako je riječ o medicinski ispravnom savjetu. Uostalom, 2017. godine kao voditeljica Službe za promicanje zdravlja Hrvatskog zavoda za javno zdravstvo (HZJZ) sa svojim suradnicima povukla je 30 miliona kuna iz Europskog socijalnog fonda za projekt prevencije debljine.

U lipnju 2019. tim Hrvatskog zavoda za javno zdravstvo, na čelu s doc. dr. sc. Sanjom Musić Milanović, nagrađen je u Bruxellesu jer je njezin projekt “Poligon za tjelesnu aktivnost školske djece” prepoznat kao jedan od 16 najboljih modela dobre prakse iz resora zdravstva, edukacije i sporta. Ipak, njezino ime se povezuje s nikada razjašnjenim skandalom.

 Na samom početku kampanje, web-portal srednja.hr otkrio je da je rad na kojem je Sanja Musić Milanović mentorirala dobio Rektorovu nagradu u poprilično netransparentnom postupku i uz negativno mišljenje Povjerenstva za znanstveni rad studenata Medicinskog fakulteta u Zagrebu.

Naknadno se pokušalo objasniti da je nagrada dodijeljena u “interdisciplinarnom području”, premda takav karakter rada ni sama mentorica nikada nije spomenula, niti je jasno po kojoj se proceduri došlo do takve odluke.