Riječ karantin ili karantena, koju danas brojni jezici koriste za označavanje prakse izoliranja zaraženog dijela stanovništva (španski: cuarentena, njemački: quarantäne, francuski: quarantaine), svoje korijene vuče iz 14. stoljeća. U to vrijeme Crna smrt je harala Evropom i pobila oko trećinu tadašnje svjetske populacije. To je bila jedna od najvećih katastrofa po ljudski rod, i ponukala nas je da počnemo preduzimati mjere predostrožnosti kako bismo spriječili širenje zaraze.

Zato je u Veneciji sredinom 14. stoljeća donesen zakon koji je ustanovio trentino, odnosno obaveznim napravio 30-dnevnu izolaciju za brodove koji su u Veneciju pristizali iz zaraženih luka. Nikome nije bilo dozvoljeno posjećivati te brodove, a ukoliko bi neko prekršio mjere zabrane, morao bi im se pridružiti u izolaciji. U narednih 80 godina, slične mjere implementirane su u drugim evropskim gradovima, a izolacija je produžena na 40 dana. Ova praksa zbog toga dobija novi naziv, quaranta, što na italijanskom znači četrdeset. Nije poznato zašto je odlučeno baš na 40 dana, ali pretpostavlja se da je bilo ustanovljeno da sve bolesti imaju tok inkubacije kraći od tog perioda.

Početak same prakse udaljavanja zaraženog stanovništva evidentan je ipak mnogo ranije, i spominje se u Bibliji. Ljudi zaraženi leprom izolirani su u lazarettosima, mjestima za udaljavanje gdje su zaraženi čekali smrt. Lazareti su sagrađivani van teritorija gradova, kako bi spriječili da zdravo stanovništvo dolazi u kontakt sa oboljelima.

Lepra je bila poznata već u Starom Egiptu, a u Babilonu su prepoznali zaraznu prirodu bolesti pa su počeli izolirati pacijente. Od tada su poznate kolonije gubavaca, gdje su oboljeli umirali strašnom smrću. Prva bolnica za gubavce osnovana je u Rimu za vrijeme cara Konstantina. U vrijeme križarskih ratova proširila se ostatkom Europe, a kako je medicina prilično nazadovala u odnosu na naprednu antičku Grčku i Rim, gubavci su uglavnom protjerivani i izolirani, i to do te mjere da su postojale zakonske odredbe o zabrani njihova približavanja drugim ljudima. Postoje opisi kako su gubavci morali nositi zvona i time najavljivati svoj prolazak.

Zanimljiv je podatak da je lazaret praktično donedavno postojao i u Sarajevu, u okviru bolnice Koševo, gdje je jedno odjeljenje bilo posebno izolirano i tu su se liječili bolesnici od lepre. No kako je ta bolest eliminirana, to odjeljenje je ugašeno negdje pred početak posljednjeg rata. Također je poznato da je u Dubrovniku dugo postojao jedan od najpoznatjih lazareta.