Ivanić je u svojstvu člana Kolegija Doma naroda BiH učestvovao u ratifikovanju ugovora u tom parlamentarnom domu, ali nije imao nikakvu odlučujuću ulogu, kako je predstavljeno u pojedinim medijima u Republici Srpskoj, koji su naveli da je Ivanić kao član Predsjedništva BiH potpisao Osnovni ugovor između BiH i SPC-a.

Direktor Sekretarijata za vjere Republike Srpske Dragan Davidović objašnjava da je prijedlog Osnovnog ugovora između BiH i SPC-a usvojilo Predsjedništvo BiH 23. augusta 2007. godine i uputilo ga u Parlament BiH na ratifikaciju.

- Taj Osnovni ugovor usvojen je glasovima srpskog i hrvatskog člana Predsjedništva BiH Nebojše Radmanovića i Željka Komšića, dok je bošnjački član Haris Silajdžić bio uzdržan. Dom naroda BiH, u kojem je bio Ivanić, dao je saglasnost na ratifikaciju tog sporazuma 25. februara i on je vraćen u Predsjedništvo BiH. Odluku o ratifikaciji Predsjedništvo BiH usvojilo je 7. maja 2008. godine ponovo glasovima Radmanovića i Komšića, dok je Silajdžić pokrenuo proceduru zaštite vitalnog interesa, ali Klub Bošnjaka u Parlamentu FBiH je to odbio i ugovor je postao pravosnažan. Poslije toga je u Beogradu upriličeno potpisivanje ugovora, a to su učinili tadašnji patrijarh Pavle i u ime BiH tadašnji ministar za ljudska prava i izbjeglice Safet Halilović - objašnjava Davidović za "Glas Srpske".

Podsjećamo, Mladen Ivanić je u razgovoru sa mitropolitom Amfilohijem rekao: “Kada je Vatikan tražio temeljni ugovor između BiH i Vatikana, ja sam insistirao da je to moguće, ali pod uslovom da isti takav ugovor potpiše SPC.”