Francetić je rođen u Otočcu 3. jula 1912. Poslije završene gimnazije upisao se na studij prava u Zagrebu, gdje postaje simpatizer ustaškog pokreta. Ubrzo nakon toga bio je protjeran iz Zagreba na pet godina zbog njegovih antijugoslavenskih političkih aktivnosti. U Otočcu, gdje je bio protjeran, ostaje neko vrijeme i marta 1933. emigrira u Italiju. Polaže ustašku zakletvu u kampu Borgotaro 24. aprila 1933. godine. Sljedeće četiri godine provodi u Austriji, Italiji i Mađarskoj. U Mađarskoj 1934. godine, preuzimanjem uprave logora za obuku od strane Vjekoslava Servatzyja u Janka-Puszti, Francetić je postavljen za zamjenika upravnika logora pod novim, konspirativnim imenom Laszlo.

Poslije atentata na kralja kralja Aleksandra, Mussolini ga je internirao na Sardiniju nakon pritiska jugoslovenske vlade. Nakon opće amnestije u Kraljevini Jugoslaviji, Francetić se vratio u Jugoslaviju novembra 1937., ali je odmah nakon toga zatvoren i protjeran u Otočac. Sljedeće godine se vratio u Zagreb da bi završio studij prava, ali je bio prisiljen da ode u vojsku. Krajem 1940. je ponovo zatvoren u Zagrebu zbog telegrama-čestitke koju je poslao Jozefu Tisou, regentu novoformirane satelitske države Slovačke. Ponovo je bio interniran u Otočac. Poslije zapaljivog nacionalističkog govora kojeg je održao na jednoj lokalnoj školskoj proslavi Nove godine pobjegao je u Njemačku 12. januara 1941. da bi izbjegao hapšenje i zatvor. Jedino vojničko obrazovanje i oficirski čin Francetić je stekao služeći vojsku u Kraljevini Jugoslaviji. Postao je rezervni podoficir u činu narednika. O Francetićevom vojničkom obrazovanju i iskustvu Eugen Dido Kvaternik, ustaški ideolog, piše:

On nije imao niti osnovnog vojničkog znanja ni izobrazbe, niti je imao smisla za osnovnu vojničku organizaciju.

Drugi svjetski rat

Poslije formiranja Nezavisne države Hrvatske 10. aprila 1941. godine, Francetić je 20. jula unaprijeđen u satnika, a u septembru 1941. godine organizuju Crnu legiju, reorganizacijom ustaških jedinica, koje su bile pod zapovjedništvom poginulog Bećira Lokmića. 15. novembra postaje bojnik, a 6. marta 1942. godine dopukovnik, te 24. jula 1942. godine dobija čin pukovnika.

Kvaternik je vjerovao da je Francetić "rođeni gerilac i sin naše brdovite Hercegovine", što je bio dovoljan razlog da bude vojni komandat u Bosni i Hercegovini.[. Stvaranje prvih formacija ustaške vojnice u Sarajevu, prethodila je široka akcija Jure Francetića i Ante Vokića u junu, julu i prvim danima augusta 1941. godine, koji su doveli grupu ustaških oficira u sastavu: Ranko Boban, Martin Vulin, Josip Mamić, Juko Galić, Marko Perkušić, Božo Vidov, Ivan Bagarić, Roman Blaškov i Ivan Devčić, sa ciljem organizovanja i naoružvanja manjih ustaških jedinica vezanih za tabore u predjelima grada i okolnim selima. Od mještana, ali i od strane njemačke vojske, ove su ustaške jedince nazvane samozvani ili divlji ustaše. Ove jedinice, početkom ustanka, su zbog zločina nad Srbima na Alipašinom Mostu i Semizovcu, na zahtjev njemačkih vlasti ukinute u augustu 1941. godine i najveći broj pripadnika integriran je u ustaške jedinice u drugim krajevima. Poslije prvih zločina četnika nad muslimanskim stanovništvom u više sela istočne Bosne, nekoliko hiljada izbjeglica s tog terena našlo se u Sarajevu. Njih su Francetić i Vokić vrbovali u ustaše i od njih formirali ustašku jedinicu, koju su zbog crne boje uniforme, za razliku od maslinasto-zelenih uniformi ostalih ustaških jedinica, nazvali Crnom legijom.

(Eugen "Dido" Kvaternik, Jure Francetići Rafael Boban na mostu u  Zvorniku)

Dolaza u Sarajevo

Sa ciljem osnivanja ustaške vlasti, u Sarajevo 23. i 24. aprila 1941. godine dolazi Pavelićev opunomoćenik Eugen Kvaternik, Petar Petković, zadužen za resor javnog reda i mira u NDH, Zvonko Kovačević, postavljen za zapovjednika grada Sarajeva, pukovnik Petar Blašković, kao zapovjednik bosanskog divizijskog područja. Istovremeno se za ustaške povjerenike u Bosni i Hercegovini imenuju i katolički svećenik don Božidar Bralo, profesor Hakija Hadžić i Jure Francetić. Francetić svoj štab u Sarajevu smješta na Alifakovcu, u kući protjerane židovske porodice. Stan je pretvorio u zatvorsku kuhinju i perionicu rublja[. Svojom izjavom

... da je grad išaran ćirilicom i da su u svim uredima bili pravoslavni, a u željezničko ravnateljstvu 500 pravoslavnih činovnika i raznih namještenika, pa i bivša banska uprava, gradska uprava, tvornice i privatna poduzećasu bili u rukama pravoslavnih i Židova...a samo Sarajevo je imalo 500 židovskih radnji.

(Jure Francetić u Sarajevu)

Francetić najavljuje progone Srba i Jevreja, te oduzimanje njihove imovine po rasnim zakonima. Reformom policijskih jedinica i jedinica ustaške milicije, Francetićevi ustaše stavljaju pod kontrolu policiju, u kojoj zadržavaju jedan manji broj agenata i policajaca iz policijske direkcije iz Sarajeva, a na čelu političkog odjeka postavljaju, specijalistu za progon komunista agenta Cividinija. Francetićeve ustaše su preuzele upravu lokalne državne administracije i otpustile sve državne službenike i učitelje koji su bili kategorirani kao Srbijanci, a također i one koji su bili Jevreji.

Ubistva, zatvaranja i masovne deportacije Srba i Jevreja su bile svakodnevne aktivnosti Francetićevih ustaša, zasnovane na ustaškoj politici i pravdane zvaničnom ustaškom politikom koja je zahtijevala totalno istrjebljenje Jevreja i pokolj, progon Srba i njihovo prisilno pokatoličavanje u Bosni i Hercegovini. Francetić je lično učestvovao u hapšenju, zatvaranju i ispitivanju istaknutih Srba i Jevreja, poput Vase Miskina, Nisima Albaharija, Vukosave Vukice Šain. Ustaška neviđena bestijalnost ispoljena prema Srbima i Jevrejima je prisilila njemačku vojnu komandu da zahtijeva Francetićevu smjenu sa položaja komandanta Crne legije. Pavelić se suprostavio Nijemcima i čak unapredio Francetića u komandanta svih ustaških jedinica u Bosni i Hercegovini. Po zahtjevu komandanta svih koncentracionih logora u NDH, Vjekoslava Luburića, Francetić u saradnji sa svojim pomoćnikom Dragom Jilakom i ustaškim tabornikom sa Pala Boškom Cvenćekom, hapsi na prevaru 74 Srba i odvodi ih u Kruščicu, selo kraj Viteza, na izgradnju ograde i dodatnih baraka za zatvaranje zatvorenika i logoraša. Izgradnjom tog logora počinju deportacije Židova iz Sarajeva. Dopisom Ravnateljstva ustaškog redarstva NDH u Zagrebu 23. jula 1941. godine, poslatom svim župama, donesena je odluka kojom se naređuje ustaškom povjereniku za BiH Francetiću:

Da odmah izda shodnu odredbu područno-redarstvenom ravnateljstvu da se najžurnije izvrši pritvaranje svih Židova i pravoslavaca - Srba, koji su već bili poznati kao komunisti, bilo pak da su imalo sumnjivi, da su skloni tom pokretu. Iste mjere valja preduzeti i protiv komunista katoličke i muslimanske vjeroispovjesti, kao i drugih, time, da se pridrže do daljnjeg u pritvoru, dok Srbe i Židove, ima se smjesta otpremiti u zbiralište (Koncentracioni logor Gospić)...

U predratno vrijeme na području današnje Bosne i Hercegovine je živjelo 15.000 Jevreja. Oko 3.000  (po drugim izvorima 1.500) jevrejskih žena i djece je internirano u logor Kruščicu, koji su kasnije prebačeni u logore Jasenovac i Stara Gradiška. Dodatnih 7.000 bosanskih Jevreja je direktno transportirano u logor Jasenovac. U proljeće 1942. godine kolona vozila u kojima su se nalazili visoki ustaški oficiri, napadnuta je na Vrelu Bosne na Ilidži od strane partizana. Poginulo je nekoliko ustaških oficira, ali Francetić nije bio ozlijeđen.

Istočni front

U septembru 1942. godine, zajedno sa Antom Pavelićem, Francetić posjećuje Adolfa Hitlera u Berlinu, te nakon toga odlaze na Istočni front, u posjetu hrvatskim legionarima 369. pojačane pješačke pukovnije, koja je djelovala pod kontrolom njemačke vojske u bitkama za Staljingrad.

Smrt

Francetić je umro od ozljeda 27. decembra 1942. godine. Dana 22. decembra 1942. godine partizani su teško oštetili avion kojim je Francetić letio za Gospić i prisilili ga da sleti pored sela Močile kod Slunja^[, što je bila teritorija koju su kontrolirali partizani. Francetića i njegovog pilota su odmah uhvatili partizani, ali ih nisu mogli odbraniti od seljaka koji su ih izboli vilama i roguljama. Teško ranjen Francetić je bio prebačen u partizansku bolnicu gde su mu hirurzi pokušali spasiti život da bi ga zamijenili za 100 jasenovačkih logoraša, ali nisu u tome uspjeli.

Francetićevu smrt su ustaše držale u tajnosti sve do početka marta 1943. godine. Zvanična vijest o njegovoj smrti je objavljena 31. marta 1943. i isti dan proglašena osmodnevna državna žalost u NDH.