Jedna od nedovoljno istraženih tema rata bio je i odnos “paljanskih vlasti”, odnosno Radovana Karadžića i Franje Tuđmana.

Prema svedočenjima iz Tuđmanovog okruženja, u vrijeme “blokade na Drini”, kada je snabdijevanje Republike Srpske bilo ugroženo, navodno se Karadžić okrenuo Zagrebu.

Opet, navodno je imao i izaslanika koji se u Austriji sastao sa Šarinićem, tako je bar Šarinić pričao, i tu su uspostavljeni “neki kontakti”. I opet navodno, za finansijsku pomoć Karadžić se jednom prilikom obavezao da, u slučaju da dođe do hrvatske vojne akcije na Kninsku krajinu, vojska RS bude suzdržana, prenosi beogradski "Nedeljnik".

Nedavno preminuli Momčilo Krajišnik, jedan od vodećih ljudi Republike Srpske za vrijeme rata, svjedočio je da je Tuđman u više navrata, čak i u Daytonu, obećao RS-u izlaz na more.

“Dole kod Molunata, Prevlaka. Od Molunata pa do Oštrog. To je dogovoreno u tri navrata, a u Daytonu je dogovoreno kao poseban separat. Naša delegacija u završnom dijelu nije ušla u razgovore - već su napravili mapu i sve - a onda su gospodin Milošević i gospodin Bulatović jednostavno zaboravili na to. To je prava istina”, rekao je Krajišnik. On, međutim, nije potvrdio da je bilo sporazuma s Tuđmanom, ali da se jeste dobro sarađivalo s njim.

“Bili smo u teškim i lošim odnosima. Ali, ako smo željeli nešto da riješimo s Hrvatima u Bosni, mogli smo da računamo da ono što kaže, Boban i njegovi moraju da poslušaju. Tuđmana prvo ubijedimo i onda smo riješili problem”, rekao je Krajišnik.