Nakon što su Napoleonove trupe zauzele sjevernu Italiju, francuski general Louis-Alexandre Berthier ušao je u Rim praktično bez otpora i proglasio Rimsku republiku. Time je htio natjerati papu Pija VI da se odrekne svjetovne vlasti nad Rimom i Papinskom Državom. Kad je ovaj to odbio, stavljen je u zarobljeništvo.

Dana 20. februara 1798. godine zarobljeni papa odveden je iz Rima najprije u Sienu i Certosu pokraj Firence, a zatim preko Parme, Piacenze, Torina i Grenoblea u gradić Valence u Francuskoj. Nakon šest sedmica zatvoreništva u Valenceu papa je umro.

Pio VI rođen je u Italiji kao grof Giovanni Angelo Braschi i postao je papom u doba kad je Sveta Stolica bila pod jakim pritiskom prosvjetiteljskih vladara koji su joj željeli ograničiti vlast. Naprimjer, kad je habsburški car Josip II uvodio velike promjene u državi zatvaranjem samostana, Pio VI je doputovao u Beč da pokuša razuvjeriti cara. Međutim, to mu nije uspjelo.

Kardinali su se sastali u Veneciji da izaberu novog papu. Izabran je Barnaba Chiaramonti, koji je uzeo ime Pio VII. Neobično je da je novi papa krunjen tijarom napravljenom od papira, jer su pravu Francuzi uzeli sa sobom. Novi je papa krenuo iz Venecije u Rim na trošnom austrijskom brodu koji je jedva plovio i dospio je tamo kasnije iste godine.