Igrao je za juniorsku, mladu reprezentaciju BiH. Upisao je 11 nastupa za seniorsku selekciju. Debitirao je kod Roberta Prosinečkog, a onda se odlučio oprostiti od dresa reprezentacije. Radi se o Stjepanu Lončaru koji u to vrijeme nosio dres Astane.

Preko Ferencvarosa i Lecha Lončar je završio u Istri koja igra odlično ove sezone. U posljednjem kolu je Istra sredila Dinamo 3-0, sada ima tri boda manje od četvrtog mjesta koje drži Slaven Belupo. 

"Naravno da se gleda prema četvrtom mjestu. Iz kupa smo ispali pa nas četvrto mjesto vodi u Europu ako Rijeka osvoji Kup. Tri boda nas dijele, a još osam utakmica tako da je neizvjesno do kraja. Niti u jednoj utakmici nema favorita, bilo da igramo protiv Gorice, Šibenika, Dinama, Rijeke, može utakmica otići na njihovu stranu, a može na našu, sve je u pet deka, takav mi je dojam u utakmicama koje sam do sada igrao" rekao je između ostalog Lončar u razgovoru za Net.hr.

Dotakao se Lončar i reprezentacije BiH:

"Nikad se ne zna, na stožeru je da me zovu. Ako dođe do poziva, vidjet ćemo. Bilo je svega u periodu kada sam igrao za BiH pa sam odlučio da neću više igrati, onda je došao novi stožer s Barbarezom, Spahićem, Papcem i ponovno su me zvali u jednom ciklusu, ali su me zvali u pet do 12 i tad nisam bio u trenažnom procesu pa sam odbio poziv, tako se potrefilo, ali ako me budu zvali na vrijeme, odazvat ću se. Sviđa mi se nova energija u reprezentaciji, prije je bio cirkus, to su sada duge teme o kojima ne želim, ali nova energija s Barbarezom, Spahićem, Papcem, Hrgovićem i ekipom mi se sviđa i odazvao bih se kada bi me zvali", rekao je između ostalog Lončar.