Vijest o njegovoj smrti je na društvenim mrežama objavio njegov sin Dejan Pejaković. Od velikana se na društvenim mrežama opraštaju brojni kulturni radnici, poznate ličnosti.

Uz faksimil teksta iz 2018. godine kada je Pejaković bio hospitaliziran na KCUS-u, dok je ona bila na mjestu generalnog direktora najveće zdrastvene ustanove u BiH, od njega se oprostila i prof. dr. Sebija Izetbegović, nekadašnja direktorica KCUS-a.

Odlaze dobri ljudi. Ne sumnjam u nagradu koja ih čeka. Za hrabrost, čast, umijeće, ljubav prema domovini i još mnogo toga. Kad su svi znali istinu, a nisu smjeli, ili nisu htjeli da je kažu, on je rekao. Bez ustezanja. Ja ću biti njegov svjedok na tom danu, ako Bog da. Meni bliski ljudi, koji su znali koliko se trudim i koliko radim, koji su znali kakvom brutalnom medijskom linču sam bila izložena, su kukavički šutali. Josip Pejaković me branio. Svojim divnim glasom, iz bolesničke postelje, na gospodski, ljudski, plemeniti način Josip me branio istinom.Ne spominjući mene, gospodin Pejaković rekao je istinu o KCUS , o dobrim i vrijednim uposlenicima KCUS. Njegove riječi bile su kao mehlem za dušu svima nama. Hvala zauvijek. Dragi Bog voli hrabre. On se davno svrstao u takve – iskrena je Izetbegović.

Januara 2018., Pejaković je za medije izjavio:

Od prvoga ulaska u KUM u Sarajevu, ja sam obasut nevjerovatnom pažnjom. Ne zato što sam ja Josip Pejaković, nego zato što je to postao neki novi model ovdje. Ja ovu bolnicu ne mogu prepoznati. Bio sam pacijent ovdje i kad je bio direktor Gavrankapetanović, i kad je bio Mesihović i ostali. Sve te medijske hajke koje su provedene su do te mjere bile degutantne i neprimjerene pravom stanju. U ovoj bolnici se izgleda stvara prava baza za pravi klinički centar, gdje će svaki ljekar bez obzira na stručnost i njegovu sposobnost imati puni kapacitet da radi. Ta promjena je nastala sa ljudima koji su već bili tu. Nema više pita, nema ćevapa, nema "jahanja" po krevetima... Ovdje je takva disciplina koju ja u životu još nisam vidio - ispričao je tada Pejaković.

U takvim okolnostima, kada se stvori baza, kada ne možeš ti šta hoćeš, nego šta možeš, ljudi trče oko pacijenata, ali ne Josipu Pejakoviću, nego i neni iz Pazarića i običnom svijetu, tri CT-a rade u tri dana da bi se došlo do prave dijagnostike... Ja strašno vjerujem u ovakav način rada. Nisam do sada želio da se izjašnjavam o medijskim aferama u vezi s KCUS-om. Ali kada se nađete sa one druge strane kao pacijent i postanete dio te priče, vjerujte mi na riječ, a ima puno svijeta koji meni vjeruje, da ništa od toga o čemu se pričalo nije bilo tako. Osoba koja je bila stavljena na taj stub srama nije predmetom moje pažnje. Ja govorim o običnom svijetu koji radi, o bolničarkama, sestrama, o ljekarima koji su nevjerovatni. Glavna uloga u cijeloj ovoj priči nije ni Klinički, ni ljekarski konzilij, glavna uloga je pacijent i sve je okrenuto prema njemu. Bravo! – bile su riječi Josipa Pejakovića.