Isprva oficir u vojsci Kraljevine Jugoslavije. U ustaški logor Bovegno u Italiji došao je u ljeto 1932., ali se odmah vratio i sudjelovao u Velebitskom ustanku (u septembru 1932.) te opet preko Zadra potražio boravište u Italiji. U maju 1934. Ante Pavelić imenovao ga je rojnikom vodnikom. Iduće je godine (1935.) zamjenik zapovjednika satnije na Liparima, potom ga Italijani prebacuju u Kalabriju. Početkom decembra 1937. uhapšen je s grupom ustaša zbog navodnog pripremanja atentata na Milana Stojadinovića, ali je ubrzo pušten. Pripadao je krugu najpovjerljivijih Pavelićevih saradnika.

(Fotografija Bobana iz Drugog svjetskog rata)

Karijera u NDH

Nakon proglašenja NDH, vratio se u domovinu i djelovao u Ustaškoj vojnici. U novembru 1941. promaknut je u čin ustaškog satnika. Nakon izbijanja partizanskog ustanka protiv vlasti NDH, postaje zamjenik zapovjednika elitne jedinice Ustaške vojnice, Crne legije Jure Francetića. U junu 1942. zapovjedao je jednom bojnom Crne legije koja je dva dana i dvije noći branila grad Kupres od partizanskih napada. Nakon pogibije Jure Francetića (potkraj 1942.) postaje zapovjednik Crne legije, koja iste godine biva rasformirana. Treća bojna bivše Crne legije postaje V. stajaći djelatni zdrug, koji kasnije operira u Podravini, a Boban postaje njegov zapovjednik. Pod njegovim zapovjedništvom V. ustaški stajaći zdrug 13. oktobra 1944. odbija napad partizanskog 6. i 10. korpusa te 7. banijske divizije na Koprivnicu.

O tome što je Boban radio u Podravini, kao i ranije u Bosni, svjedoče razni izvori. Samo u jednoj odluci o utvrđivanju zločina okupatora i njihovih pomagača iz 1945. navodi se, kako su u junu 1944. u Đurđevcu uhapšeni zemljoradnik Ignac Živko, činovnik Herbert Kukec, urar Josip Berta te gimnazijalac Zlatko Mihelić.

Ustaše Stjepan Šante i Branko Fantoni, po nalogu Rafaela Bobana, pritvorenike su tukli bikovačom i toljagom danju i noću, turali im igle pod nokte, naređivali im da ližu pod i sol, od čega su nastupali srčani bolovi. Strijeljali su ih potom na đurđevačkom groblju, odluku o smrti potpisao je pukovnik Rafael Boban, a prije toga su ih opljačkali i obili urarsku radnju Josipa Berte.

U istom mjesecu čuva zatočene bivše ministre Mladena Lorkovića i Antu Vokića u Koprivnici. Na kraju rata imao je čin ustaškog pukovnika i generala Hrvatskih oružanih snaga. U maju 1945. povlači se u Austriju te se kod Bleiburga uspijeva probiti na sigurno.

Teorije o sudbini

Postoji više verzija o Bobanovoj životnoj sudbini nakon 1945. Prema jednoj je poginuo 1946. u Podravini u borbi s partizanima, a prema drugoj 1947. kao križar u Hercegovini. (Postoje i priče da se prebacio u Argentinu, potom u SAD, gdje je pristupio američkoj vojsci i sudjelovao u Korejskom ratu. Ondje je, navodno, izgubio ruku te je umirovljen i vraćen u SAD, nakon čega se preselio u Austriju i ondje umro.). Poznato je samo da je prilikom rekonstrukcije Vlade NDH u izbjeglištvu 1951. Ante Pavelić imenovao Bobana ministrom Oružanih snaga, iako on nije bio prisutan.

Poznati hrvatski historičar, dr. Zdravko Dizdar, prema vlastitom navodu, raspolagao je Bobanovim pismom koje je poslao svojoj supruzi, u kojem stoji da je kao antikomunistički borac sudjelovao u redovima američke vojske u Korejskom ratu te je, nakon umirovljenja kao oficir američke vojske, živio u Irskoj do smrti.